对于新生儿，进行尿培养

血液化验

对于免疫系统受损的人，常常需要活检

巨细胞病毒感染可能不会立即被识别。健康成人及儿童由于不需要进行治疗，因此巨细胞病毒感染的诊断也通常不是必须的。但是，医生认为以下人群可能存在巨细胞病毒感染：

原本健康的人有发热和疲劳

免疫系统功能低下的人有眼睛、脑部、肺部或胃肠道感染

看起来有病的新生儿

一旦怀疑巨细胞病毒感染，医师可进行试验以检测机体体液或组织中的病毒。

在新生儿中，通常通过将尿液样本送到实验室来培育（培养）和识别病毒来进行诊断。

如果患者以前没有抗巨细胞病毒抗体，血液检查可以确认新发感染。（抗体是免疫系统产生的，有助于保护身体免受特定攻击物，如巨细胞病毒的攻击。） 但这些检查不能确定是否存在疾病。

体液和组织中存在巨细胞病毒并不总是提示疾病，可能仅代表病毒脱落。病毒再激活可能导致巨细胞病毒疾病，如在免疫系统功能低下的人群中发生的那样。常需要对这些人进行受累组织的活检以确认巨细胞病毒感染。

也可以进行血液检查，以评估存在多少病毒，并且可能有所帮助，因为已升高或正在升高的巨细胞病毒病毒载量通常高度提示侵袭性疾病。

眼科医师可使用眼底镜检查眼球内部结构以查找特征性异常来确定巨细胞病毒性视网膜炎。